À part de son importance pour l’histoire naturelle, le Jardin Botanique de Pise (Orto Botanico di Pisa) est précieux pour la ville, en tant que le Jardin Botanique Universitaire le plus vieux en Europe. Établi à l’ordre de Cosimo I de Medici en 1544, le Jardin Botanique de Pise se situait dans un lieu différent de celui courant, occupant 3 ha. Cependant, malgré la perte de quelques spécimens qui, on dit, ont été vite récupérés, le jardin a prospéré pendant les siècles suivants grâce au patronage de la famille Medici. Cet établissement appartient à l’Université de Pise, et abrite l’Institut Botanique, étant divisé en zones qui présentent des plantes en plein air de régions climatiques différentes et quelques serres.