Le Musée d’Histoire Naturelle et du Territoire de l’Université de Pise (Museo di Storia Naturale e del Territorio dell’Universita di Pisa) est un autre édifice important abrité par le Monastère Cartusien de Pise, un établissement connu aussi comme le Monastère Cartusien de Calci, proche de Pise. Ce musée est intéressant au sujet de l’histoire du Monastère Cartusien, aussi qu’au sujet de ses pièces concernant l’histoire naturelle-même. Ainsi, le Monastère Cartusien porte témoignage du passé ardu des moines cartusiens qui, dans les conditions historiques, ont dû changer leur résidence à Calci au début du XVème siècle, mais les seuls éléments qui attestent ces moments sont le style baroque de l’établissement et la fresque par Bernardino Pocceti du réfectoire de l’ancien monastère, une fresque qui illustre la Cène.

L’Université de Pise a vu dans le Monastère Cartusien le lieu parfait pour le siège du Musée d’Histoire Naturelle qui, en fait, avait commencé se former dès le XVIème siècle. Alors, sa collection a été transférée dans le Monastère Cartusien de Calci. Les principaux éléments intéressants du musée sont les squelettes de cétacés exposés, formant une des plus grandes collections de son genre en Europe.